Misskey サーバーはソフトウェア「Misskey」を使用したサービスやその運営、またはそれらのため実行されるサーバーコンピューター上のシステムのことである。
例としては「Misskey.io」「Misskey.design」「Misskey.gg」「すしすきー」「にじみす.moe」…などがあげられる。
それぞれのサーバーは独立しているが、「Activity Pub」を利用して相互に通信しており、そのおかげで他のサーバーや Mastodon など他ソフトウェアのユーザーとも交流することができる。（それぞれのサーバーのつながりを連合という。また、連合全体のことを Fediverse という。）
2023/03/03以前は「インスタンス」と呼ばれていたが、「サーバー」の方がより一般的でなじみのある単語であるため改められた。
その影響で、このwiki含む一部の古い文章や古くからのユーザーの間では「インスタンス」の名称が使われることがある。
左（スマホでは左下のボタン）から表示できるページ一覧を参照されたい。
また、以下のサイトでも Misskey のサーバーが確認できる。